AT3G62020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : germin-like protein 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
germin-like protein (GLP10) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
germin-like protein 10 (GLP10); FUNCTIONS IN: manganese ion binding, nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), Germin (InterPro:IPR001929), Germin, manganese binding site (InterPro:IPR019780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: germin-like protein subfamily 2 member 2 precursor (TAIR:AT1G02335.1); Has 1676 Blast hits to 1670 proteins in 151 species: Archae - 0; Bacteria - 114; Metazoa - 0; Fungi - 43; Plants - 1483; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 36 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22971443..22972192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23551.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 220 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSRCFGFFF TLLSLNVIVL AYDPDTLQDL CVADRTSGIK VNGFTCKPES NITASDFFFA GIGKPAVVNN TVGSAVTGAN VEKIAGLNTL GVSLARIDYA 101: PGGLNPPHTH PRATEVIFVL EGELDVGFIT TANKLFAKTV KKGEVFVFPR GLIHYQKNND KAKPASVISA FNSQLPGTQS IAATLFTATP AIPDHVLTTT 201: FQIGTKEIEK IKSKFAPKKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)