AT2G47990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transducin family protein / WD-40 repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a transducin family nucleolar protein with six WD40 repeats that is most likely involved in 18S rRNA biogenesis. The slow progression of the gametophytic division cycles in swa1 suggested that the SWA1 protein is required for the normal progression of mitotic division cycles through the regulation of cell metabolism. Ubiquitously expressed throughout the plant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SLOW WALKER1 (SWA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal (InterPro:IPR018983), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT3G49660.1); Has 33528 Blast hits to 20320 proteins in 654 species: Archae - 34; Bacteria - 4945; Metazoa - 12077; Fungi - 7782; Plants - 4404; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 4280 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19637010..19638602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58906.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEELRVRLN DHQVSKVFPV KPKSTAKPVS ESETPESRYW SSFKNHSTPN LVSSVAALAF SPVHPHSLAV AHSATVSLFS SQSLSSSRRF SFRDVVSSVC 101: FRSDGALFAA CDLSGVVQVF DIKERMALRT LRSHSAPARF VKYPVQDKLH LVSGGDDGVV KYWDVAGATV ISDLLGHKDY VRCGDCSPVN DSMLVTGSYD 201: HTVKVWDARV HTSNWIAEIN HGLPVEDVVY LPSGGLIATA GGNSVKVWDL IGGGKMVCSM ESHNKTVTSL RVARMESAES RLVSVALDGY MKVFDYGRAK 301: VTYSMRFPAP LMSLGLSPDG STRVIGGSNG MVFAGKKKVR DVVGGQKKSL NLWSLISDVD ESRRRALRPT YFRYFQRGQS EKPSKDDYLV KEKKGLKLTR 401: HDKLLKKFRH KEALVSVLEE KKPANVVAVM EELVARRKLM KCVSNMEEGE LGMLLGFLQR YCTVQRYSGL LMGLTKKVLE TRAEDIKGKN EFKGLLRNLK 501: REVNQEIRIQ QSLLEIQGVI APLMRIAGRS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)