AT2G17670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT3G53700.1); Has 45396 Blast hits to 13729 proteins in 280 species: Archae - 5; Bacteria - 33; Metazoa - 451; Fungi - 602; Plants - 42971; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1334 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7674420..7675811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51410.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 463 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKVPSSFRS MPANLLVRKT TPSPPAPPRD FRNRTAVGGD SAKLPQNTQA PREPSLRNPF KSPNLSDAKS LFNSIAATSR IPLDLKFHNS VLQSYGSIAV 101: VNDTVKLFQH ILKSQPNFRP GRSTFLILLS HACRAPDSSI SNVHRVLNLM VNNGLEPDQV TTDIAVRSLC ETGRVDEAKD LMKELTEKHS PPDTYTYNFL 201: LKHLCKCKDL HVVYEFVDEM RDDFDVKPDL VSFTILIDNV CNSKNLREAM YLVSKLGNAG FKPDCFLYNT IMKGFCTLSK GSEAVGVYKK MKEEGVEPDQ 301: ITYNTLIFGL SKAGRVEEAR MYLKTMVDAG YEPDTATYTS LMNGMCRKGE SLGALSLLEE MEARGCAPND CTYNTLLHGL CKARLMDKGM ELYEMMKSSG 401: VKLESNGYAT LVRSLVKSGK VAEAYEVFDY AVDSKSLSDA SAYSTLETTL KWLKKAKEQG LVP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)