AT1G61380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-domain-1 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
S-domain-1 29 (SD1-29); FUNCTIONS IN: carbohydrate binding, protein kinase activity, kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid autophosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), S-locus receptor kinase, C-terminal (InterPro:IPR021820), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), EGF-like (InterPro:IPR006210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-locus lectin protein kinase family protein (TAIR:AT1G61390.1); Has 117235 Blast hits to 115670 proteins in 4264 species: Archae - 108; Bacteria - 12715; Metazoa - 42954; Fungi - 9640; Plants - 34538; Viruses - 385; Other Eukaryotes - 16895 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22646277..22649401 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89901.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 805 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGMVLFACLL LLIIFPTCGY AAINTSSPLS IRQTLSSPGG FYELGFFSPN NTQNQYVGIW FKKIVPRVVV WVANRDTPVT SSAANLTISS NGSLILLDGK 101: QDVIWSTGKA FTSNKCHAEL LDTGNFVVID DVSGNKLWQS FEHLGNTMLP QSSLMYDTSN GKKRVLTTWK SNSDPSPGEF SLEITPQIPT QGLIRRGSVP 201: YWRCGPWAKT RFSGISGIDA SYVSPFSVVQ DTAAGTGSFS YSTLRNYNLS YVTLTPEGKM KILWDDGNNW KLHLSLPENP CDLYGRCGPY GLCVRSDPPK 301: CECLKGFVPK SDEEWGKGNW TSGCVRRTKL SCQAKSSMKT QGKDTDIFYR MTDVKTPDLH QFASFLNAEQ CYQGCLGNCS CTAFAYISGI GCLVWNGELA 401: DTVQFLSSGE FLFIRLASSE LAGSSRRKII VGTTVSLSIF LILVFAAIML WRYRAKQNDA WKNGFERQDV SGVNFFEMHT IRTATNNFSP SNKLGQGGFG 501: PVYKGKLVDG KEIGVKRLAS SSGQGTEEFM NEITLISKLQ HRNLVRLLGY CIDGEEKLLI YEFMVNKSLD IFIFDPCLKF ELDWPKRFNI IQGIARGLLY 601: LHRDSRLRVI HRDLKVSNIL LDDRMNPKIS DFGLARMFQG TQYQDNTRRV VGTLGYMSPE YAWAGLFSEK SDIYSFGVLM LEIISGKRIS RFIYGDESKG 701: LLAYTWDSWC ETGGSNLLDR DLTDTCQAFE VARCVQIGLL CVQHEAVDRP NTLQVLSMLT SATDLPVPKQ PIFAVHTLND MPMLQANSQD FLSVNEMTES 801: MIQGR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)