AT1G51450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TRAUCO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Nuclear protein required for early embryogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRAUCO (TRO); FUNCTIONS IN: transcription regulator activity; INVOLVED IN: histone methylation, embryo development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SPla/RYanodine receptor subgroup (InterPro:IPR018355), B302 (SPRY)-like (InterPro:IPR001870), SPla/RYanodine receptor SPRY (InterPro:IPR003877); Has 2366 Blast hits to 2103 proteins in 282 species: Archae - 12; Bacteria - 162; Metazoa - 1213; Fungi - 403; Plants - 173; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 390 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19074399..19076220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55509.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 509 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESLQSNSKI EEAEQNPKIE EAQVSVSLPE EPTGVLLPSE LVDDSAPPES SDAVEESIET ASEAEVSISL LEGTTTGTAL LPSEENDLAP LESSGIIEEP 101: IDTDLEKLDV VAMDVDQPGS DLKIESDSFS EEAPTTSSSD NPKSPKLDSV ANQNGSAMEE DEGDEEQDDP PHKKLKQLDC LTSVAVKEEE EPEQVLPSEA 201: MVVEEAATLV ASAAKKSKSK KKNNNVWVTK STRKGKKKSK ANTPNPAAVE DKVLITPVPR FPDKGDDTPD LEICLSKVYK AEKVEISEDR LTAGSSKGYR 301: MVRATRGVVE GAWYFEIKVL SLGETGHTRL GWSTDKGDLQ APVGYDGNSF GFRDIDGCKI HKALRETYAE EGYKEGDVIG FYINLPDGES FAPKPPHYVF 401: YKGQRYICAP DAKEEPPKVV PGSEISFFKN GVCQGAAFTD IVGGRYYPAA SMYTLPDQSN CLVKFNFGPS FEFFPEDFGG RATPRPMWEV PYHGFNGRLE 501: TNGSEDMKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)