AT1G18340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basal transcription factor complex subunit-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
basal transcription factor complex subunit-related; FUNCTIONS IN: general RNA polymerase II transcription factor activity; INVOLVED IN: DNA repair, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: core TFIIH complex; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor Tfb4 (InterPro:IPR004600); Has 359 Blast hits to 354 proteins in 179 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 118; Fungi - 143; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 51 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6311612..6313734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33069.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 301 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPAIASKQYS DDVSLLVLLL DTNPLFWSTT SITFSQFLSH VLAFLNAVLG LNQLNQVVVI ATGYSSCDYI YDSSLTSNHG NFESNGTGMP AIFGSLLKKL 101: EEFVTKDEEL SKEEVSEDRI PSCLLSGSLS MALCYIQRVF RSGHLHPQPR ILCLQGSPDG PEQYVAVMNS IFSAQRLMVP IDSCYIGVQN SAFLQQASYI 201: TGGVHHTPKQ LDGLFQYLTT IFATDLHSRG FVQLPKPIGV DFRASCFCHK KTIDMGYICS VCLSIFCEHH KKCSTCGSVF GQSKLDDASS ASDKKRKAPS 301: T |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)