AT1G17340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:cytosol 0.992 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphoinositide phosphatase family protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Phosphoinositide phosphatase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Synaptojanin, N-terminal (InterPro:IPR002013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide phosphatase family protein (TAIR:AT3G14205.1); Has 1726 Blast hits to 1665 proteins in 230 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 581; Fungi - 579; Plants - 272; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 294 (source: NCBI BLink). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5934129..5938391 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89842.00 Da | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 785 amino acids | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSEPRFEPR PELIDLPVLQ KFKLYATPSN FYLIGRDENK SFRRILKIDR RDQNELNLFE DPTRYTKDEM RELKRRMIVG NEESGGFKAI TTCYGIIGFV 101: RFLEPYYMLL ITKRKKVGEI CGHTVYGIAE SQMIAIPHPS IQSKVAKSEA ELRYKKLLSV VDLSKNFYFS YTYHLMYSLQ KNIGNTERGN PHDNTMFVWN 201: SFLTREIRKI LQNSIWTVAL IYGFFQQTKC SVSGEKFVFT IIARRSRHYA GTRYLRRGVN DIGRVANDVE TEQIVSKVVP AGQKIPITSV VQVRGSIPLF 301: WSQEASVFNP QPEIILNKKD ANYEATQHHF QNLRQRYGNR IIILNLLKTV TGEKKHRETI LRGEFAKTIR FINKGMDREH RLKAIHFDLS KHYKKGADGA 401: FNHLCIFSRK SLELTDLFYC KAPSGVGAEE VIYDSFFNNP IPSQDEEASS PEKEDMKADI FLLQNGVLRT NCIDCLDRTN FAQYAHGLVS LGHQLRTLGI 501: SGPPVVDLNN PLAIELMDAY QKMGNTLAMQ YGGSEAHSKM FCDLRGNWNM VMRQRDIFTA VRRYYSNAYQ DSDKQNAINV FLGHFRPRLG RPALWELDSD 601: QHNIGRSGSN LDIENMRPLI RRSFSDNIIM DCDLNLEELV RENSQPTYEG LNGGVSGTNL EFPFYETEPA SLSFLSVMRN EELMRETGSG QMFQGSSSNS 701: DSHRPNDIPG FSHSYVTKFT PAEDIFERGS SKSVSSDNLF TDRDESVTSL TNTNSSFEFP IMGGSDLLPG FSNAFARWVF SARAW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)