AT1G13330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arabidopsis Hop2 homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the Arabidopsis Hop2 homologue. In other species, Hop2 is proposed to be involved in inter-homolog bias in double strand break repair. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Arabidopsis Hop2 homolog (AHP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tat binding protein 1-interacting (InterPro:IPR010776); Has 3022 Blast hits to 2708 proteins in 418 species: Archae - 82; Bacteria - 427; Metazoa - 1139; Fungi - 246; Plants - 98; Viruses - 21; Other Eukaryotes - 1009 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4568008..4569410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26246.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 226 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKSDNTEA IVLNFVNEQN KPLNTQNAAD ALQKFNLKKT AVQKALDSLA DAGKITFKEY GKQKIYIARQ DQFEIPNSEE LAQMKEDNAK LQEQLQEKKK 101: TISDVESEIK SLQSNLTLEE IQEKDAKLRK EVKEMEEKLV KLREGITLVR PEDKKAVEDM YADKINQWRK RKRMFRDIWD TVTENSPKDV KELKEELGIE 201: YDEDVGLSFQ AYADLIQHGK KRPRGQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)