AT5G66630.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.388 cytosol 0.370 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DA1-related protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DA1-related protein 5 (DAR5); FUNCTIONS IN: zinc ion binding, ATP binding; INVOLVED IN: apoptosis; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, LIM-type (InterPro:IPR001781), NB-ARC (InterPro:IPR002182), Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain (InterPro:IPR008808), Protein of unknown function DUF3633 (InterPro:IPR022087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DA1-related protein 6 (TAIR:AT5G66620.1); Has 1986 Blast hits to 1972 proteins in 186 species: Archae - 0; Bacteria - 28; Metazoa - 152; Fungi - 18; Plants - 1741; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 47 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26592720..26595691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80250.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 702 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPISDVASLV GGAALGAPLS EIFKLVIEEA KKVKDFKPLS QDLASTMERL VPIFNEIDMM QQGSNRGTSE LKVLTETMER AGEMVHKCSR IQWYSIAKKA 101: LYTREIKAIN QDFLKFCQIE LQLIQHRNQL QYMRSMGMAS VSTKADLLSD IGNEFSKLCL VAQPEVVTKF WLKRPLMELK KMLFEDGVVT VVVSAPYALG 201: KTTLVTKLCH DADVKEKFKQ IFFISVSKFP NVRLIGHKLL EHIGCKANEY ENDLDAMLYI QQLLKQLGRN GSILLVLDDV WAEEESLLQK FLIQLPDYKI 301: LVTSRFEFTS FGPTFHLKPL IDDEVECRDE IEENEKLPEV NPPLSMCGGC NSAVKHEESV NILGVLWHPG CFCCRSCDKP IAIHELENHV SNSRGKFHKS 401: CYERYCYVCK EKKMKTYNIH PFWEERYCPV HEADGTPKCC SCERLEPRGT KYGKLSDGRW LCLECGKSAM DSDECQPLYF DMRDFFESLN MKIEKEFPLI 501: LVRKELLNKK EEKIDNHYEV LIRAYCMSEQ KIMTYVSEEP RTGQNKQLID MDTEPQGVVH ECKVTAILIL YGLPRLLTGY ILAHEMMHAW LRLNGHMNLN 601: NILEEGICQV LGHLWLESQT YATADTTADA ASASSSSSRT PPAASASKKG EWSDFDKKLV EFCKNQIETD ESPVYGLGFR TVNEMVTNSS LQETLKEILR 701: RR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)