AT5G63650.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF1-related protein kinase 2.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SNF1-related protein kinase 2.5 (SNRK2.5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636), Serine/threonine-protein kinase-like, plant (InterPro:IPR015740); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF1-related protein kinase 2.1 (TAIR:AT5G08590.1); Has 132292 Blast hits to 116481 proteins in 3406 species: Archae - 169; Bacteria - 13418; Metazoa - 52934; Fungi - 13701; Plants - 25794; Viruses - 1077; Other Eukaryotes - 25199 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25481631..25483495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41556.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKYEVVKDL GAGNFGVARL LRHKETKELV AMKYIERGRK IDENVAREII NHRSLRHPNI IRFKEVILTP THLAIVMEYA SGGELFERIC NAGRFSEAEA 101: RYFFQQLICG VDYCHSLQIC HRDLKLENTL LDGSPAPLLK ICDFGYSKSS LLHSRPKSTV GTPAYIAPEV LSRREYDGKH ADVWSCGVTL YVMLVGGYPF 201: EDPDDPRNFR KTIQRIMAVQ YKIPDYVHIS QECRHLLSRI FVTNSAKRIT LKEIKKHPWY LKNLPKELTE PAQAAYYKRE TPSFSLQSVE DIMKIVGEAR 301: NPAPSSNAVK GFDDDEEDVE DEVEEEEEEE EEEEEEEEEE EDEYEKHVKE AHSCQEPPKA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)