AT5G58760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : damaged DNA binding 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a DDB1a interacting protein DDB2 required for UV-B tolerance and genomic integrity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
damaged DNA binding 2 (DDB2); FUNCTIONS IN: nucleotide binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA repair, response to UV-B; LOCATED IN: nucleus, CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DROUGHT SENSITIVE 1 (TAIR:AT1G80710.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23730741..23733606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62832.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 557 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSTRSRRKR DPEIVIARDT DSELSSSEEE EEEEDNYPFS ESEEEDEAVK NGGKIELEKN KAKGKAPITV KLIKKVCKVC KQPGHEAGFK GATYIDCPMK 101: PCFLCKMPGH TTMSCPHRVV TDHGILPTSH RNTKNPIDFV FKRQLQPRIP PIKPKYVIPD QVHCAVIRYH SRRVTCLEFH PTKNNILLSG DKKGQIGVWD 201: FGKVYEKNVY GNIHSVQVNN MRFSPTNDDM VYSASSDGTI GYTDLETGTS STLLNLNPDG WQGANSWKML YGMDINSEKG VVLAADNFGF LHMIDHRTNN 301: STGEPILIHK QGSKVCGLDC NPVQPELLLS CGNDHFARIW DMRKLQPKAS LHDLAHKRVV NSAYFSPSSG TKILTTCQDN RIRIWDSIFG NLDLPSREIV 401: HSNDFNRHLT PFKAEWDPKD TSESLIVIGR YISENYNGTA LHPIDFIDAS NGQLVAEVMD PNITTITPVN KLHPRDDVLA SGSSRSLFIW RPQDNTEMVE 501: EKKDKKIIIC YGDSKKKGKK QKRGSDDEDD EDDIFSSKGK NIKVNKYQAK TTKKTKT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)