AT5G24850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.683 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cryptochrome 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Binds flavin adenine dinucleotide and DNA. It does not have photolyase activity, and it is likely to act as photoreceptor. Closely related to Synechocystis cryptochrome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cryptochrome 3 (CRY3); FUNCTIONS IN: FMN binding, DNA binding, DNA photolyase activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), DNA photolyase, N-terminal (InterPro:IPR006050), Cryptochrome, DASH (InterPro:IPR014133), DNA photolyase, FAD-binding/Cryptochrome, C-terminal (InterPro:IPR005101), Cryptochrome/DNA photolyase, class 1 (InterPro:IPR002081); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photolyase/blue-light receptor 2 (TAIR:AT2G47590.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8535399..8538016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60382.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 526 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDHIHRVPA LTEEEIDSVA IKTFERYALP SSSSVKRKGK GVTILWFRND LRVLDNDALY KAWSSSDTIL PVYCLDPRLF HTTHFFNFPK TGALRGGFLM 101: ECLVDLRKNL MKRGLNLLIR SGKPEEILPS LAKDFGARTV FAHKETCSEE VDVERLVNQG LKRVGNSTKL ELIWGSTMYH KDDLPFDVFD LPDVYTQFRK 201: SVEAKCSIRS STRIPLSLGP TPSVDDWGDV PTLEKLGVEP QEVTRGMRFV GGESAGVGRV FEYFWKKDLL KVYKETRNGM LGPDYSTKFS PWLAFGCISP 301: RFIYEEVQRY EKERVANNST YWVLFELIWR DYFRFLSIKC GNSLFHLGGP RNVQGKWSQD QKLFESWRDA KTGYPLIDAN MKELSTTGFM SNRGRQIVCS 401: FLVRDMGLDW RMGAEWFETC LLDYDPCSNY GNWTYGAGVG NDPREDRYFS IPKQAQNYDP EGEYVAFWLQ QLRRLPKEKR HWPGRLMYMD TVVPLKHGNG 501: PMAGGSKSGG GFRGSHSGRR SRHNGP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)