AT5G57960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP-binding protein, HflX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GTP-binding protein, HflX; FUNCTIONS IN: GTP binding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), GTP1/OBG (InterPro:IPR006073), GTP-binding protein, HflX (InterPro:IPR016496), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding protein, HflX (TAIR:AT3G49725.1); Has 31952 Blast hits to 30531 proteins in 2948 species: Archae - 298; Bacteria - 25096; Metazoa - 510; Fungi - 190; Plants - 240; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5618 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23463133..23466481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60531.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSFYLSSSP IFKLQWHANH KPKPNRAIVS FPPSRLHANC YSWRLSCNLA QHGIELEETV EEDEILQVLD LPTEETNLDN ETIASPSKML RKKKGDEESL 101: DDRFKLRNGK EIFEEKAYLV GVERKGDGEC LFNIEESLEE LEQLADTAGL AVVGSTYQKL ASPNPRTYIG SGKVAEIKSA INALDVETVI FDDELSPGQL 201: RNLEKAFGGD VRVCDRTALI LDIFNQRAAT HEAALQVALA QMEYQLPRLT RMWTHLERQS GGQVKGMGEK QIEVDKRILR TQIGVLKKEL ESVRKHRKQY 301: RSRRVAIPVP VVSLVGYTNA GKSTLLNQLT GANVLAENRL FATLDPTTRR VQMQNGKEFL LTDTVGFIQK LPTTLVAAFR ATLEEIAESS LLVHVVDISH 401: PLAEQQIEAV EKVMSELDVS SIPKLVVWNK VDRVDDPQKV KLEAEETGDT ICISALTGEG LDDFCNAVHE KLKDSMVWVE ALLPFDKGDL LSTIHKVGMV 501: KETEYTENGT LIRAHVPLRF AQLLKPMRHL VKDTSISQRG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)