AT5G55120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.691 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : galactose-1-phosphate guanylyltransferase (GDP)s;GDP-D-glucose phosphorylases;quercetin 4'-O-glucosyltransferases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a GDP-L-galactose phosphorylase, with similar biochemical properties as VTC2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VITAMIN C DEFECTIVE 5 (VTC5); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GDP)s;GDP-galactose:mannose-1-phosphate guanylyltransferases;GDP-galactose:glucose-1-phosphate guanylyltransferases;GDP-galactose:myoinositol-1-phosphate guanylyltransferases;glucose-1-phosphate guanylyltransferase (GDP)s;galactose-1-phosphate guanylyltransferase (GDP)s;GDP-D-glucose phosphorylases;quercetin 4'-O-glucosyltransferases (TAIR:AT4G26850.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22369515..22371709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48318.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 431 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLLKIKRVPT VVSNYQKDET VEEGGCGRNC LSKCCINGAR LPLYTCKNLD KSVGENTESP VTFLESLVIG EWEDRFQRGL FRYDVTACET KVIPGKYGFI 101: AQLNEGRHLK KRPTEFRVDK VLQPFDGNKF NFTKVGQEEL LFQFKASTND DDSEIQFLAS MPLDADNSPS VVAINVSPIE YGHVLLIPRV LDCLPQRIDH 201: KSLLLALQMA AEADNPYFRL GYNSLGAFAT INHLHFQAYY LAMQFPIEKA SSLKITTTNN GVKISKLLNY PVRGLLVEGG NTIKDLADTV SDASVCLQNN 301: NIPFNILISD SGKRIFLLPQ CYAEKQALGE VSSTLLDTQV NPAVWEMSGH MVLKRKEDYE GASEEKAWRL LAEVSLSEER FREVNTMIFD AIGFSSHEEE 401: EEEELEEQNS MNGGSFTIVH CPSVKEEAVS N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)