AT2G20610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tyrosine transaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Confers auxin overproduction. Mutants have an over-proliferation of lateral roots. Encodes a C-S lyase involved in converting S-alkylthiohydroximate to thiohydroximate in glucosinolate biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SUPERROOT 1 (SUR1); FUNCTIONS IN: S-alkylthiohydroximate lyase activity, carbon-sulfur lyase activity, transaminase activity; INVOLVED IN: regulation of cell growth by extracellular stimulus, glucosinolate biosynthetic process, adventitious root development, indoleacetic acid biosynthetic process; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase (InterPro:IPR001176), Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Tyrosine transaminase (InterPro:IPR021178), Tyrosine/nicotianamine aminotransferase (InterPro:IPR005958), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tyrosine transaminase family protein (TAIR:AT4G28420.2); Has 40950 Blast hits to 40944 proteins in 3034 species: Archae - 1011; Bacteria - 29323; Metazoa - 781; Fungi - 784; Plants - 1326; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7725 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8878150..8880298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51090.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 462 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSEEQPHANL AVPAFKTEKE PITQTRNGQS SVWRFGGSDK AAKASTVTLR GVIYMLFDNC GKDVNKTILP LGHGDPSVYP CFRTCIEAED AVVDVLRSGK 101: GNSYGPGAGI LPARRAVADY MNRDLPHKLT PEDIFLTAGC NQGIEIVFES LARPNANILL PRPGFPHYDA RAAYSGLEVR KFDLLPEKEW EIDLEGIEAI 201: ADENTVAMVV INPNNPCGNV YSHDHLKKVA ETARKLGIMV ISDEVYDRTI FGDNPFVSMG KFASIVPVLT LAGISKGWVV PGWKIGWIAL NDPEGVFETT 301: KVLQSIKQNL DVTPDPATII QAALPAILEK ADKNFFAKKN KILKHNVDLV CDRLKDIPCV VCPKKPESCT YLLTKLELSL MDNIKDDIDF CVKLAREENL 401: VFLPGDALGL KNWMRITIGV EAHMLEDALE RLKGFCTRHA KKTETETESL QALKLSDNNL EM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)