AT5G52560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-sugar pyrophosphorylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with UTP:sugar 1-phosphate uridylyltransferase activity, which has been shown to use a wide range of substrates including glucose-1-P, galactose-1-P, xylose-1-P, arabinose-1-P and glucuronate-1-P. The enzyme was shown to require Mg2+ or Mn2+ for activity. Mutations in USP can lead to a complete loss of male fertility. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UDP-sugar pyrophosphorylase (USP); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 30 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase (InterPro:IPR002618); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: N-acetylglucosamine-1-phosphate uridylyltransferase 1 (TAIR:AT1G31070.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21331230..21334573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67856.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 614 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASTVDSNFF SSVPALHSNL GLLSPDQIEL AKILLENGQS HLFQQWPELG VDDKEKLAFF DQIARLNSSY PGGLAAYIKT AKELLADSKV GKNPYDGFSP 101: SVPSGENLTF GTDNFIEMEK RGVVEARNAA FVLVAGGLGE RLGYNGIKVA LPRETTTGTC FLQHYIESIL ALQEASNKID SDGSERDIPF IIMTSDDTHS 201: RTLDLLELNS YFGMKPTQVH LLKQEKVACL DDNDARLALD PHNKYSIQTK PHGHGDVHSL LYSSGLLHKW LEAGLKWVLF FQDTNGLLFN AIPASLGVSA 301: TKQYHVNSLA VPRKAKEAIG GISKLTHVDG RSMVINVEYN QLDPLLRASG FPDGDVNCET GFSPFPGNIN QLILELGPYK DELQKTGGAI KEFVNPKYKD 401: STKTAFKSST RLECMMQDYP KTLPPTARVG FTVMDIWLAY APVKNNPEDA AKVPKGNPYH SATSGEMAIY RANSLILQKA GVKVEEPVKQ VLNGQEVEVW 501: SRITWKPKWG MIFSDIKKKV SGNCEVSQRS TMAIKGRNVF IKDLSLDGAL IVDSIDDAEV KLGGLIKNNG WTMESVDYKD TSVPEEIRIR GFRFNKVEQL 601: EKKLTQPGKF SVED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)