AT5G51140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.685 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pseudouridine synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pseudouridine synthase family protein; FUNCTIONS IN: pseudouridine synthase activity; INVOLVED IN: pseudouridine synthesis, RNA modification; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pseudouridine synthase, catalytic domain (InterPro:IPR020103), Pseudouridine synthase, RluC/RluD (InterPro:IPR006225), Pseudouridine synthase, RsuA and RluB/C/D/E/F (InterPro:IPR006145), RNA-binding S4 (InterPro:IPR002942), Pseudouridine synthase, RluC/RluD, conserved site (InterPro:IPR006224); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pseudouridine synthase family protein (TAIR:AT3G52260.2); Has 18563 Blast hits to 18531 proteins in 2681 species: Archae - 12; Bacteria - 14066; Metazoa - 277; Fungi - 208; Plants - 208; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3792 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:20784277..20786793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44626.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 395 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRKQQEDDN DDGVEKAVSP VLATTSNTMS TDLLLQSSSK LSQKQDYIFH GGRRHVRPYY FEFISHVNKR WTGKTIVDLF ADEFKGRPRD YYVGAVKSGR 101: IKVDGEIVPV SYIVKSSQKI THFLHRHEPP VMIDDVVILH QEPDVVTVCK PASVPVHPCG QYRKNTIVGI LDAEHDLGTL FPIHRLDRLV SGLLIIARTA 201: AKADFFRQQI EGGMVKKRYI AKVIGVFPED EMIVDANINY NGSEGRSTAE DANSSGDDKK VKGKPACTKF TRIDTNGTHS LVSCEPVTGR THQIRVHLQY 301: TGHPIANDPL YLNQHIDNLE TYIAKRIDAG ERKIVSPDDY VYSSEDFSID PMCTNCPKLI PQGYEEHDEA LWLHCVQYCG TGWEYECPYP SWASL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)