AT5G50990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT3G62890.1); Has 34988 Blast hits to 13414 proteins in 253 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 67; Fungi - 109; Plants - 34373; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 439 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:20739453..20741281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60039.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 534 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQRISINVSG IRRFCITSLS SSSASNLTDH GMLKQVLESC KAPSNSKCVL QAHAQIFKLG YGTYPSLLVS TVAAYRRCNR SYLARRLLLW FLSLSPGVCN 101: INLIIESLMK IGESGLAKKV LRNASDQNVI TWNLMIGGYV RNVQYEEALK ALKNMLSFTD IKPNKFSFAS SLAACARLGD LHHAKWVHSL MIDSGIELNA 201: ILSSALVDVY AKCGDIGTSR EVFYSVKRND VSIWNAMITG FATHGLATEA IRVFSEMEAE HVSPDSITFL GLLTTCSHCG LLEEGKEYFG LMSRRFSIQP 301: KLEHYGAMVD LLGRAGRVKE AYELIESMPI EPDVVIWRSL LSSSRTYKNP ELGEIAIQNL SKAKSGDYVL LSNIYSSTKK WESAQKVREL MSKEGIRKAK 401: GKSWLEFGGM IHRFKAGDTS HIETKAIYKV LEGLIQKTKS QGFVSDTDLV LMDVSEEEKE ENLNYHSEKL ALAYVILKSS PGTEIRIQKN IRMCSDCHNW 501: IKAVSKLLNR VIIMRDRIRF HRFEDGLCSC RDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)