AT5G43470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Confers resistance to Peronospora parasitica. In arabidopsis ecotype Dijon-17, HRT-mediated signaling is dependent on light for the induction of hypersensitive response and resistance to turnip crinkle virus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RECOGNITION OF PERONOSPORA PARASITICA 8 (RPP8); FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: defense response to virus, response to light stimulus, response to other organism, defense response, plant-type hypersensitive response; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NB-ARC (InterPro:IPR002182), Disease resistance protein (InterPro:IPR000767); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family (TAIR:AT5G48620.1); Has 14176 Blast hits to 13516 proteins in 476 species: Archae - 9; Bacteria - 629; Metazoa - 331; Fungi - 51; Plants - 13063; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 93 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17463130..17466658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104688.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 908 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEAFVSFGL EKLWDLLSRE SERLQGIDGQ LDGLKRQLRS LQSLLKDADA KKHGSDRVRN FLEDVKDLVF DAEDIIESYV LNKLSGKGKG VKKHVRRLAC 101: FLTDRHKVAS DIEGITKRIS EVIGEMQSFG IQQIIDGGRS LSLQERQRVQ REIRQTYPDS SESDLVGVEQ SVKELVGHLV ENDVHQVVSI AGMGGIGKTT 201: LARQVFHHDL VRRHFDGFAW VCVSQQFTQK HVWQRILQEL QPHDGDILQM DEYALQRKLF QLLEAGRYLV VLDDVWKKED WDVIKAVFPR KRGWKMLLTS 301: RNEGVGIHAD PTCLTFRASI LNPEESWKLC ERIVFPRRDE TEVRLDEEME AMGKEMVTHC GGLPLAVKAL GGLLANKHTV PEWKRVFDNI GSQIVGGSWL 401: DDNSLNSVYR ILSLSYEDLP THLKHCFLNL AHFPEDSEIS TYSLFYYWAA EGIYDGSTIE DSGEYYLEEL VRRNLVIADD NYLSWQSKYC QMHDMMREVC 501: LSKAKEENFL QIIIDPTCTS TINAQSPSRS RRLSIHSGKA FHILGHKNKT KVRSLIVPRF EEDYWIRSAS VFHNLTLLRV LDLSWVKFEG GKLPCSIGGL 601: IHLRYLSLYE AKVSHLPSTM RNLKLLLYLN LRVDTEEPIH VPNVLKEMIQ LRYLSLPLKM DDKTKLELGD LVNLEYLYGF STQHSSVTDL LRMTKLRYLA 701: VSLSERCNFE TLSSSLRELR NLETLNFLFS LETYMVDYMG EFVLDHFIHL KQLGLAVRMS KIPDQHQFPP HLVHLFLIYC GMEEDPMPIL EKLLHLKSVR 801: LARKAFLGSR MVCSKGGFPQ LCVIEISKES ELEEWIVEEG SMPCLRTLTI DDCKKLKELP DGLKYITSLK ELKIEGMKRE WKEKLVPGGE DYYKVQHIPD 901: VQFINCDQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)