AT5G40830.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:golgi 0.915 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF248, methyltransferase putative (InterPro:IPR004159); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein (TAIR:AT3G27230.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16354611..16355855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 46524.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 414 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSVSLKIGD GTARFKRSTL FSSAINLLML FSIVTTNLFA LYAFSSRSQS HTPHPLHSNN VSLVSQHLSL ILREIDSSHH TLTQMEKQII GYESLDLSQQ 101: EVPQELKLFL QQHQLPLGKD SRTGITQMVA SVGHSCEMSL DLLSQYMSYN VFEKCPDDWS LAQKLILRAC EPLPRRRCLA KTVHKPGLAL FPDSLWRPVG 201: NSSVNWSGLG CKSFECLKGK KLSRDCVGCF DLATSHEKDR FVKVNGKTDF LIDDVLDLGD GKIRIGFDIS SGSGTFAARM AEKNVNIISN TLNIDAPFSE 301: FIAARGIFPL FMSLDQRLPF YDNVFDLIHA SNGLDLAVSN KPEKLEFLMF DLDRILKPGG LFWLDNFYCG NDEKKRVLTR LIERFGYKKL KWVVGEKTDA 401: EVFLSAVLQK PARI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)