AT2G17630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein; FUNCTIONS IN: pyridoxal phosphate binding, transaminase activity, catalytic activity, O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferase, class V/Cysteine desulfurase (InterPro:IPR000192), Aminotransferase class-V pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR020578), Phosphoserine aminotransferase, subgroup (InterPro:IPR003248), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (InterPro:IPR015422), Phosphoserine aminotransferase (InterPro:IPR022278); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphoserine aminotransferase (TAIR:AT4G35630.1); Has 5143 Blast hits to 5141 proteins in 1794 species: Archae - 74; Bacteria - 3425; Metazoa - 166; Fungi - 141; Plants - 61; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7666637..7667905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46636.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASTNSFLI GNQTQIPSLK PKSISQSFIH FTKPNTINLT TRTKSVSIRC ASASTTVGSE QRVINFAAGP AALPENVLLK AQSDLYNWRG SGMSVMEMSH 101: RGKEFLSIIQ KAESDLRQLL EIPSEYSVLF LQGGATTQFA ALPLNLCKSD DSVDYIVTGS WGDKAFKEAK KYCNPKVIWS GKSEKYTKVP TFDGLEQSSD 201: AKYLHICANE TIHGVEFKDY PLVENPDGVL IADMSSNFCS KPVDVSKFGV IYAGAQKNVG PSGVTIVIIR KDLIGNARDI TPVMLDYKIH DENSSLYNTP 301: PCFGIYMCGL VFDDLLEQGG LKEVEKKNQR KAELLYNAID ESRGFFRCPV EKSVRSLMNV PFTLEKSELE AEFIKEAAKE KMVQLKGHRS VGGMRASIYN 401: AMPLAGVEKL VAFMKDFQAR HA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)