AT5G39900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Small GTP-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Small GTP-binding protein; FUNCTIONS IN: GTP binding, translation elongation factor activity, GTPase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP-binding protein LepA (InterPro:IPR006297), Protein synthesis factor, GTP-binding (InterPro:IPR000795), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal (InterPro:IPR000640), Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2 (InterPro:IPR004161), GTP-binding protein LepA, C-terminal (InterPro:IPR013842), Elongation factor G/III/V (InterPro:IPR009022), Translation elongation/initiation factor/Ribosomal, beta-barrel (InterPro:IPR009000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Small GTP-binding protein (TAIR:AT5G08650.1); Has 79800 Blast hits to 74702 proteins in 10641 species: Archae - 1192; Bacteria - 44258; Metazoa - 8966; Fungi - 6189; Plants - 1305; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 17889 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15976719..15978925 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73599.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 663 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSMYRASKT LKSSRQALSI LFNSLNSNRQ NPTCIGLYQA YGFSSDSRQS SKEPTIDLTK FPSEKIRNFS IIAHIDHGKS TLADRLMELT GTIKKGHGQP 101: QYLDKLQVER ERGITVKAQT ATMFYENKVE DQEASGYLLN LIDTPGHVDF SYEVSRSLSA CQGALLVVDA AQGVQAQTVA NFYLAFEANL TIVPVINKID 201: QPTADPERVK AQLKSMFDLD TEDVLLVSAK TGLGLEHVLP AVIERIPPPP GISESPLRML LFDSFFNEYK GVICYVSVVD GMLSKGDKVS FAASGQSYEV 301: LDVGIMHPEL TSTGMLLTGQ VGYIVTGMRT TKEARIGDTI YRTKTTVEPL PGFKPVRHMV FSGVYPADGS DFEALGHAME KLTCNDASVS VAKETSTALG 401: MGFRCGFLGL LHMDVFHQRL EQEYGTQVIS TIPTVPYTFE YSDGSKLQVQ NPAALPSNPK YRVTASWEPT VIATIILPSE YVGAVINLCS DRRGQQLEYT 501: FIDAQRVFLK YQLPLREIVV DFYDELKSIT SGYASFDYED AEYQASDLVK LDILLNGQAV DALATIVHKQ KAYRVGKELV EKLKNYIERQ MFEVMIQAAI 601: GSKIIARDTI SAMRKNVLAK CYGGDITRKK KLLEKQKEGK KRMKRVGSVD IPHEAFQQIL KVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)