AT1G16280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA helicase 36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA helicase 36 (RH36); FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP binding, ATP-dependent helicase activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: post-embryonic development, embryo sac development, rRNA processing; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 30 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT5G60990.1); Has 43946 Blast hits to 42938 proteins in 3095 species: Archae - 969; Bacteria - 21832; Metazoa - 6240; Fungi - 4948; Plants - 2606; Viruses - 36; Other Eukaryotes - 7315 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5568482..5570487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54838.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 491 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEPTPEEEG GITIMSKSRK NPKTVVNIQS QKLDSDQNTP QFEKFTNPNP SSDTTSATNF EGLGLAEWAV ETCKELGMRK PTPVQTHCVP KILAGRDVLG 101: LAQTGSGKTA AFALPILHRL AEDPYGVFAL VVTPTRELAF QLAEQFKALG SCLNLRCSVI VGGMDMLTQT MSLVSRPHIV ITTPGRIKVL LENNPDVPPV 201: FSRTKFLVLD EADRVLDVGF QDELRTIFQC LPKSRQTLLF SATMTSNLQA LLEHSSNKAY FYEAYEGLKT VDTLTQQFIF EDKDAKELYL VHILSQMEDK 301: GIRSAMIFVS TCRTCQRLSL MLDELEVENI AMHSLNSQSM RLSALSKFKS GKVPILLATD VASRGLDIPT VDLVINYDIP RDPRDYVHRV GRTARAGRGG 401: LAVSIITETD VKLIHKIEEE VGKKMEPYNK KVITDSLEVT KVSKAKRVAM MKMLDNGFED KVKDRRKLKR KTLADKGLLK KRGKRQKSTE N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)