AT5G38290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidyl-tRNA hydrolase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidyl-tRNA hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: aminoacyl-tRNA hydrolase activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site (InterPro:IPR018171), Peptidyl-tRNA hydrolase (InterPro:IPR001328); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidyl-tRNA hydrolase family protein (TAIR:AT5G16140.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15303603..15305381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27261.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 246 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFCASSSPIT SPLYPKAYKF SQTKSNSKRF SSLRASLPVS DNKLLKFEYT PWLIVGLGNP GLKYYGTRHN IGFEMIDHIA RATDISMNTI QSKALVGIGS 101: VGEVPILLVK PQGYMNFSGE SVGPLAAYYQ IPLRHILMIY DDMGLSNGVL RLQPKGGHSQ HNGLKNVTEH LNGCRGYPRL SIGIGNPPGN MDMKAFLLQK 201: FSPLERKQMD EGLEQGVEGV KTLVEEGFSD SISRFNLGQK YKFHKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)