AT5G28020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine synthase D2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cysteine synthase CysD2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine synthase D2 (CYSD2); FUNCTIONS IN: cysteine synthase activity; INVOLVED IN: cysteine biosynthetic process from serine, cysteine biosynthetic process, metabolic process; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate-binding site (InterPro:IPR001216), Cysteine synthase A (InterPro:IPR005859), Pyridoxal phosphate-dependent enzyme, beta subunit (InterPro:IPR001926), Cysteine synthase K/M (InterPro:IPR005856); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: L-cysteine desulfhydrase 1 (TAIR:AT5G28030.1); Has 20080 Blast hits to 20065 proteins in 2673 species: Archae - 419; Bacteria - 13898; Metazoa - 355; Fungi - 603; Plants - 549; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 4254 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:10026395..10028166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34320.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDRCLIKND ITELIGNTPM VYLNNVVDGC VARIAAKLEM MEPCSSVKDR IAYSMIKDAE DKGLITPGKS TLIEPTAGNT GIGLACMGAA RGYKVILVMP 101: STMSLERRII LRALGAELHL SDQRIGLKGM LEKTEAILSK TPGGYIPQQF ENPANPEIHY RTTGPEIWRD SAGKVDILVA GVGTGGTATG VGKFLKEQNK 201: DIKVCVVEPV ESPVLSGGQP GPHLIQGIGS GIVPFNLDLT IVDEIIQVAG EEAIETAKLL ALKEGLLVGI SSGAAAAAAL KVAKRPENAG KLIVVVFPSG 301: GERYLSTKLF DSIRYEAENL PIE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)