AT5G28030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : L-cysteine desulfhydrase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
L-cysteine desulfhydrase 1 (DES1); FUNCTIONS IN: pyridoxal phosphate binding, cysteine synthase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: cysteine biosynthetic process from serine, cysteine biosynthetic process, metabolic process; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, LP.02 two leaves visible, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate-binding site (InterPro:IPR001216), Cysteine synthase A (InterPro:IPR005859), Pyridoxal phosphate-dependent enzyme, beta subunit (InterPro:IPR001926), Cysteine synthase K/M (InterPro:IPR005856); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine synthase D2 (TAIR:AT5G28020.6); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:10030493..10032285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34327.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDRVLIKND VTELIGNTPM VYLNKIVDGC VARIAAKLEM MEPCSSIKDR IAYSMIKDAE DKGLITPGKS TLIEATGGNT GIGLASIGAS RGYKVILLMP 101: STMSLERRII LRALGAEVHL TDISIGIKGQ LEKAKEILSK TPGGYIPHQF INPENPEIHY RTTGPEIWRD SAGKVDILVA GVGTGGTVTG TGKFLKEKNK 201: DIKVCVVEPS ESAVLSGGKP GPHLIQGIGS GEIPANLDLS IVDEIIQVTG EEAIETTKLL AIKEGLLVGI SSGASAAAAL KVAKRPENVG KLIVVIFPSG 301: GERYLSTELF ESVRYEAENL PVE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)