AT2G48020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: plasma membrane, chloroplast, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT5G18840.1); Has 32576 Blast hits to 32035 proteins in 2204 species: Archae - 531; Bacteria - 16009; Metazoa - 5272; Fungi - 6662; Plants - 2708; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1392 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19644441..19647007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49702.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 463 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKASDAVRE PLVDKNMAGS KPDQPWMVYL STFVAVCGSF AFGSCAGYSS PAQAAIRNDL SLTIAEFSLF GSLLTFGAMI GAITSGPIAD LVGRKGAMRV 101: SSAFCVVGWL AIIFAKGVVA LDLGRLATGY GMGAFSYVVP IFIAEIAPKT FRGALTTLNQ ILICTGVSVS FIIGTLVTWR VLALIGIIPC AASFLGLFFI 201: PESPRWLAKV GRDTEFEAAL RKLRGKKADI SEEAAEIQDY IETLERLPKA KMLDLFQRRY IRSVLIAFGL MVFQQFGGIN GICFYTSSIF EQAGFPTRLG 301: MIIYAVLQVV ITALNAPIVD RAGRKPLLLV SATGLVIGCL IAAVSFYLKV HDMAHEAVPV LAVVGIMVYI GSFSAGMGAM PWVVMSEIFP INIKGVAGGM 401: ATLVNWFGAW AVSYTFNFLM SWSSYGTFLI YAAINALAIV FVIAIVPETK GKTLEQIQAI VNP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)