AT5G13710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sterol methyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
SMT1 controls the level of cholesterol in plants | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sterol methyltransferase 1 (SMT1); FUNCTIONS IN: sterol 24-C-methyltransferase activity; INVOLVED IN: sterol biosynthetic process, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sterol methyltransferase C-terminal (InterPro:IPR013705), Methyltransferase type 11 (InterPro:IPR013216); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sterol methyltransferase 3 (TAIR:AT1G76090.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4424048..4426866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38270.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 336 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLASNLGGK IDKSDVLTAV EKYEQYHVFH GGNEEERKAN YTDMVNKYYD LATSFYEYGW GESFHFAQRW KGESLRESIK RHEHFLALQL GIQPGQKVLD 101: VGCGIGGPLR EIARFSNSVV TGLNNNEYQI TRGKELNRLA GVDKTCNFVK ADFMKMPFPE NSFDAVYAIE ATCHAPDAYG CYKEIYRVLK PGQCFAAYEW 201: CMTDAFDPDN AEHQKIKGEI EIGDGLPDIR LTTKCLEALK QAGFEVIWEK DLAKDSPVPW YLPLDKNHFS LSSFRLTAVG RFITKNMVKI LEYIRLAPQG 301: SQRVSNFLEQ AAEGLVDGGR REIFTPMYFF LARKPE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)