AT5G47780.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.853 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : galacturonosyltransferase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with putative galacturonosyltransferase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
galacturonosyltransferase 4 (GAUT4); FUNCTIONS IN: polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: carbohydrate biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 8 (InterPro:IPR002495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: galacturonosyltransferase 1 (TAIR:AT3G61130.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19347991..19350517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71153.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 616 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMVKLRNLVL FFMLLTVVAH ILLYTDPAAS FKTPFSKRDF LEDVTALTFN SDENRLNLLP RESPAVLRGG LVGAVYSDKN SRRLDQLSAR VLSATDDDTH 101: SHTDISIKQV THDAASDSHI NRENMHVQLT QQTSEKVDEQ PEPNAFGAKK DTGNVLMPDA QVRHLKDQLI RAKVYLSLPS AKANAHFVRE LRLRIKEVQR 201: ALADASKDSD LPKTAIEKLK AMEQTLAKGK QIQDDCSTVV KKLRAMLHSA DEQLRVHKKQ TMFLTQLTAK TIPKGLHCLP LRLTTDYYAL NSSEQQFPNQ 301: EKLEDTQLYH YALFSDNVLA TSVVVNSTIT NAKHPLKHVF HIVTDRLNYA AMRMWFLDNP PGKATIQVQN VEEFTWLNSS YSPVLKQLSS RSMIDYYFRA 401: HHTNSDTNLK FRNPKYLSIL NHLRFYLPEI FPKLSKVLFL DDDIVVQKDL SGLWSVDLKG NVNGAVETCG ESFHRFDRYL NFSNPLISKN FDPRACGWAY 501: GMNVFDLDEW KRQNITEVYH RWQDLNQDRE LWKLGTLPPG LITFWRRTYP LDRKWHILGL GYNPSVNQRD IERAAVIHYN GNLKPWLEIG IPRYRGFWSK 601: HVDYEHVYLR ECNINP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)