AT5G23590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, heat shock protein binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: male gametophyte; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Heat shock protein DnaJ (InterPro:IPR003095), Heat shock protein DnaJ, conserved site (InterPro:IPR018253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARG1-like 2 (TAIR:AT1G59980.1); Has 16747 Blast hits to 16541 proteins in 2695 species: Archae - 126; Bacteria - 6883; Metazoa - 3195; Fungi - 1541; Plants - 1234; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 3755 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7953870..7954936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33492.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 296 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGFVDHYIV LGLASGEEAL KLTEKEIAKA YKLKALDLHP DKRPDDPDAH EKFQRLKTSY EVLKDEKARK LFDDLLRIQR EKQHKKSQVD SKRRKMMSDL 101: EERERSAFSP NPSARAYDEE ERIARKLKEE IDRIRARHAK KKSGFQTPES NVDEKRKEER SGAGASVQLD KERMLKVSWE KSGEGYTAGR LREVFSEFGE 201: VEDVVIRSTK KKCSALIVMA TKDGAVAATR TLCGNLSNPL LVVPLQKAAQ TDFLTAKKSA EAEPQSNIVG AGLQAYEDAV MQRLLQAAMD QKKRGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)