AT5G17630.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide/sugar transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Nucleotide/sugar transporter family protein; FUNCTIONS IN: antiporter activity, glucose transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: hexose phosphate transport; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF6, transmembrane (InterPro:IPR000620), Protein of unknown function DUF250 (InterPro:IPR004853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glucose 6-phosphate/phosphate translocator 1 (TAIR:AT5G54800.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5809475..5810728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45772.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 417 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MISLNLSPSL NPGLLHKTRT CQQPTRLSAL LVTNPKPFNH RHPLGLSPIP NLQIRDVSAK PLLSLTNPES SSGFSRKPRS IAAVGSSDSN PDEKSDLGEA 101: EKKEKKAKTL QLGIVFGLWY FQNIVFNIFN KKALNVFPYP WLLASFQLFA GSIWMLVLWS FKLYPCPKIS KPFIIALLGP ALFHTIGHIS ACVSFSKVAV 201: SFTHVIKSAE PVFSVIFSSL LGDSYPLAVW LSILPIVMGC SLAAVTEVSF NLGGLSGAMI SNVGFVLRNI YSKRSLQSFK EIDGLNLYGC ISILSLLYLF 301: PVAIFVEGSH WVPGYHKAIA SVGTPSTFYF WVLLSGVFYH LYNQSSYQAL DEISPLTFSV GNTMKRVVVI ISTVLVFRNP VRPLNALGSA IAIFGTFLYS 401: QATAKKKKIE VGGDKKN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)