AT5G11950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Putative lysine decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein of unknown function. It has been crystallized and shown to be structurally almost identical to the protein encoded by At2G37210. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Putative lysine decarboxylase family protein; FUNCTIONS IN: protein homodimerization activity; INVOLVED IN: lysine biosynthetic process via diaminopimelate; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Conserved hypothetical protein CHP00730 (InterPro:IPR005269); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lysine decarboxylase family protein (TAIR:AT2G37210.1); Has 4835 Blast hits to 4834 proteins in 1455 species: Archae - 28; Bacteria - 3320; Metazoa - 8; Fungi - 132; Plants - 375; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 972 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3855072..3856815 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23832.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 216 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDNQRSRFR KICVFCGSHS GHREVFSDAA IELGNELVKR KIDLVYGGGS VGLMGLISRR VYEGGLHVLG IIPKALMPIE ISGETVGDVR VVADMHERKA 101: AMAQEAEAFI ALPGGYGTME ELLEMITWSQ LGIHKKTVGL LNVDGYYNNL LALFDTGVEE GFIKPGARNI VVSAPTAKEL MEKMEEYTPS HMHVASHESW 201: KVEELGDYPG QENKPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)