AT2G39970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Mitochondrial substrate carrier family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Mitochondrial substrate carrier family protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane, peroxisomal membrane, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitochondrial substrate carrier (InterPro:IPR001993), Mitochondrial substrate/solute carrier (InterPro:IPR018108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: folate transporter 1 (TAIR:AT5G66380.1); Has 16603 Blast hits to 11434 proteins in 397 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 7348; Fungi - 4678; Plants - 2931; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1642 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16684026..16686392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36215.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 331 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDALINGLA GAGGGIIAQL LTYPLQTVNT RQQTERDLKR EKRKLGTIEH MCQVVKQEGW ERLYGGLAPS LAGTAASQGV YYYFYQVFRN RAEATALARK 101: KKGLGDGSVG MFASLLVAAF AGSVNVLMTN PIWVIVTRMQ THRKMTKDQT AAPESPSSNA EALVAVEPRP YGTFNTIREV YDEAGITGFW KGVIPTLIMV 201: SNPSMQFMLY ETMLTKLKKK RALKGSNNVT ALETFLLGAV AKLGATVTTY PLLVVKSRLQ AKQVTTGDKR QQYKGTLDAI LKMIRYEGLY GFYKGMSTKI 301: VQSVLAAAVL FMIKEELVKG AKLLLSNATS S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)