AT2G01470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SEC12P-like 2 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Sec12p-like protein (GTP exchange protein) that functionally complements yeast sec12 null mutant. Protein is localized to the ER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SEC12P-like 2 protein (STL2P); FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: ER to Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: integral to endoplasmic reticulum membrane, endoplasmic reticulum, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT5G50550.1); Has 6374 Blast hits to 3814 proteins in 364 species: Archae - 22; Bacteria - 2789; Metazoa - 1016; Fungi - 1422; Plants - 400; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 725 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:212215..214435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42796.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANQSTETNQ PSNMQTYGVP IYAADWIPEV DVRSKIIMDP EKSEDDDESS SSSSSSRSCI VLSGGGGEGR SGISNVILIC RVDLNTNSLS EQPLGRLVVG 101: SDLPYRMAVH PREGGLICAL PNSCKLFHWE DIMSREDNQA GESEEVIKEL RDVGQQLALA FNPEGSVLAA GAEDGTLRVF KWPSMNTLLN ESQAHSSVKC 201: LTFSESGQFL VSLGGPVCRV WDVNASAAVA SLSKEKDEMF ASCRFSVDSA GNEVLYIAAN TERGGSIITC DTKLWKRKWS KPIKKNSISA FNVSADGKLL 301: AIGTLEGDVL ILESTRMQTI QVVKKAHLGL VTALTFSPDS RGLVSVSFDS RARLTMIEQK GDKPGVRWWL LVLLIVLLYV VAYYYMKAKG IIP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)