AT3G53110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative DEAD-Box RNA Helicase and has RNA-dependent ATPase activity. Mutant is Sensitive to chilling stress and heat stress. Germination of the mutant is inhibited by ABA. LOS4 may be involved in temperature sensing. Is enriched in the nuclear envelope and also located in the cytoplasm. LOS4 is involved in export of poly A RNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LOW EXPRESSION OF OSMOTICALLY RESPONSIVE GENES 4 (LOS4); FUNCTIONS IN: RNA helicase activity, RNA-dependent ATPase activity, ATP-dependent helicase activity; INVOLVED IN: poly(A)+ mRNA export from nucleus, response to cold, response to heat, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: nuclear envelope, plasma membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: eukaryotic initiation factor 4A-III (TAIR:AT3G19760.1); Has 40925 Blast hits to 40635 proteins in 3033 species: Archae - 702; Bacteria - 21081; Metazoa - 5720; Fungi - 4311; Plants - 2419; Viruses - 28; Other Eukaryotes - 6664 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19687968..19690423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55387.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 496 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADTVEKVPT VVESSSSSTV EASNSAEKTE PTTEKKKWGD VEDDDDEEEA VSELNSLSIK EEEKPDSILE EPEDSNIKAV TSGDTPYTSA SRFEDLNLSP 101: ELMKGLYVEM KFEKPSKIQA ISLPMIMTPP HKHLIAQAHN GSGKTTCFVL GMLSRVDPTL REPQALCICP TRELANQNME VLQKMGKFTG ITAELAVPDS 201: TRGAPAATRG APVSAHVVIG TPGTLKKWMA FKRLGLNHLK ILVFDEADHM LATDGFRDDS LKIMKDIGRV NPNFQVLLFS ATFNETVKDF VARTVKDPNQ 301: LFVKREDLAL DSVKQYKVVC PKEQNKIEVI KDQIMELGDI GQTIIFVKTK ASAQKVHKAL AEMGYDVTSV HGNLTESDRD KIVKEFKECL TQVLIATDVI 401: ARGFDQQRVN LVVNYNLPTK YETGEPDYEV YLHRVGRAGR FGRKGAVFNL LLDDGWDKEV MEKIEKYFEA NVKEIKSWNS EEEYKSALKE AGLLDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)