AT3G46820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.926 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : type one serine/threonine protein phosphatase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the catalytic subunit of a Type 1 phosphoprotein Ser/Thr phosphatase, expressed in roots, shoots and flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
type one serine/threonine protein phosphatase 5 (TOPP5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase (InterPro:IPR006186); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: type one serine/threonine protein phosphatase 2 (TAIR:AT5G59160.3); Has 7127 Blast hits to 6926 proteins in 615 species: Archae - 78; Bacteria - 490; Metazoa - 2413; Fungi - 1415; Plants - 987; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 1731 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:17242447..17243992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35520.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 312 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQGQGSMD PAVLDDIIRR LLDYRNPKAG TKQAMLNDSE IRQLCFVSRE IFLQQPCLLE LAAPVKICGD IHGQYSDLLR LFEYGGFPPA ANYLFLGDYV 101: DRGKQSLETI CLLLAYKIKY PENFFLLRGN HECASINRIY GFYDECKRRF NVKLWKVFTD TFNCLPVAAV IDEKILCMHG GLSPELINVE QIKNIERPTD 201: VPDAGLLCDL LWSDPSKDVK GWGMNDRGVS YTFGADKVAE FLIKNDMDLV CRAHQVVEDG YEFFADRQLV TMFSAPNYCG EFDNAGALMS VDESLMCSFQ 301: ILKPVDRRSR FF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)