AT5G10870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chorismate mutase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes chorismate mutase AtCM2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chorismate mutase 2 (CM2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chorismate mutase, type II (InterPro:IPR020822), Chorismate mutase, AroQ class, eukaryotic type (InterPro:IPR008238); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chorismate mutase 3 (TAIR:AT1G69370.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3430691..3432272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30492.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 265 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARVFESDSG SGCSNVLSLD LIRESLIRQE DTIVFSLIER AKFPLNSPAF EESRCLDSGS FSSLTEFFVR ETEIIQAKVG RYEYPEENPF FLENIPHSVF 101: PTHKYPSALH PKALSVNINK QIWDIYFKEL LPLFVKPGDD GNYPSTAASD LACLQALSRR IHYGKFVAEV KFRDAPQDYE PAIRAQDREA LMKLLTFEKV 201: EEMVKKRVQK KAETFGQEVK FNSGYGDESK KKYKVDPLLA SRIYGEWLIP LTKLVEVEYL LRRLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)