AT5G09600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : succinate dehydrogenase 3-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the membrane anchor subunits of the mitochondrial respiratory complex II. The protein is encoded by the nuclear genome but is imported into the mitochondrion. There are two genes that encode this protein, the other is SDH3-2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
succinate dehydrogenase 3-1 (SDH3-1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase, transmembrane subunit (InterPro:IPR000701); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: succinate dehydrogenase 3-2 (TAIR:AT4G32210.1); Has 400 Blast hits to 400 proteins in 121 species: Archae - 0; Bacteria - 45; Metazoa - 67; Fungi - 61; Plants - 100; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2979220..2980527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23455.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 213 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATALFRSI RRRDVVSAPL SVYKSLAGNA QPSWGSSYIG QNYASFSRAF GSKPVVNDIL GTGLGTNNAI REEREKSKST EAAIVGAQLT RSFRALDVGT 101: SKRLFSTISG DIKTTQEEPK IKSFRPLSPH LSVYQPQMNS MLSIFNRISG VYLTGVTFAG YLLYLKMGMI CLTYPSFYQV LYHTQQQLPV ITSVTALAAI 201: YHTIKSTHSL LTH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)