AT5G08650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Small GTP-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Small GTP-binding protein; FUNCTIONS IN: GTP binding, translation elongation factor activity, GTPase activity; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2 (InterPro:IPR004161), Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal (InterPro:IPR000640), GTP-binding protein LepA, C-terminal (InterPro:IPR013842), Protein synthesis factor, GTP-binding (InterPro:IPR000795), GTP-binding protein LepA (InterPro:IPR006297), Elongation factor G/III/V (InterPro:IPR009022), Translation elongation/initiation factor/Ribosomal, beta-barrel (InterPro:IPR009000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Small GTP-binding protein (TAIR:AT5G39900.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2806533..2813220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75441.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 681 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMASAMDLS SPPTFFLSGT STSSPSLRRL SSISVSGFRR HSNRKLQILC QATAGTEPQS GLSVSGSKLA ARSGQDRLLK VPISNIRNFS IIAHIDHGKS 101: TLADKLLQVT GTVQNRDMKE QFLDNMDLER ERGITIKLQA ARMRYVYEDT PFCLNLIDTP GHVDFSYEVS RSLAACEGAL LVVDASQGVE AQTLANVYLA 201: LENNLEIIPV LNKIDLPGAE PEKVLREIEE VIGLDCSKAI FCSAKEGIGI TEILDAIVQR IPAPLDTAGK PLRALIFDSY YDPYRGVIVY FRVIDGKVKK 301: GDRIFFMASG KDYFADEVGV LSPNQIQVDE LYAGEVGYIA ASVRSVADAR VGDTITHYSR KAESSLPGYE EATPMVFCGL FPVDADQFPD LRDALEKLQL 401: NDAALKFEPE TSSAMGFGFR CGFLGLLHME IVQERLEREY NLNLITTAPS VVYRVNSVNG DTTLCSNPSR LPDPGQRKSV EEPYVKIELL TPKDYIGALM 501: ELAQERRGEF KEMKYIAENR ASILYELPLA EMVGDFFDQL KSRTKGYASM EYSVIGYRES DLIKLDILIN AEMVEPLSTI VHRDKAYSVG RALTQKLKEL 601: IPRQMFKVPI QACIGSKVIA SEALSAIRKD VLAKCYGGDI SRKKKLLKKQ AAGKKRMKAI GRVDVPQEAF MAVLKLEREV L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)