AT5G08430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SWIB/MDM2 domain;Plus-3;GYF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SWIB/MDM2 domain;Plus-3;GYF; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: histone modification, transcription initiation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plus-3 domain, subgroup (InterPro:IPR018144), SWIB/MDM2 domain (InterPro:IPR003121), Plus-3 (InterPro:IPR004343), GYF (InterPro:IPR003169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SWIB/MDM2 domain;Plus-3;GYF (TAIR:AT5G23480.1); Has 361 Blast hits to 341 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 120; Fungi - 28; Plants - 189; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 20 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2716974..2720095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63071.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 553 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDITWVEEG NGSATSSRKR KARPKRFEFV GWGSRQLIEF LHSLGKDTSE MISRYDVSDT IAKYISKEGL LDPSNKKKVV CDKRLVLLFG TRTIFRMKVY 101: DLLEKHYKEN QDDSDFDFLY EDEPQIICHS EKIAKRTSKV VKKPRGTFAA IVSDNIKLLY LRKSLVQELL KSPDTFEGKM LGSFVRIKSD PNDYLQKYPY 201: QLVQVTGVKK EHGTDDFLLQ VTNYVKDVSI SVLSDDNFSQ EECEDLHQRI KNGLLKKPTI VEMEEKAKKL HKDQTKHWLG REIELLKRLI DRANEKGWRR 301: ELSEYLDKRE LLQNPDEQAR LLREVPEVIG EELVQNPEVS SPEAHKSDNE QRLSESPLSC IHETPEARNL FGGEDQQFNN GYVMSNPITT PGITSCATEI 401: NKGLPTWIAS AGAEYLHVDV EQPANGIIGG ETPTEESKVS QLQSSIPVNN VDNGSQVQPN PSEVIELSDD DEDDNGDGET LDPKVEDVRV LSYDKEKLNW 501: LYKDPQGLVQ GPFSLTQLKA WSDAEYFTKQ FRVWMTGESM ESAVLLTDVL RLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)