AT5G06600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 12 (UBP12); FUNCTIONS IN: ubiquitin-specific protease activity, ubiquitin thiolesterase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), MATH (InterPro:IPR002083), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394), TRAF-type (InterPro:IPR013322); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 13 (TAIR:AT3G11910.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2019545..2027834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 130614.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1116 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MTMMTPPPVD QPEDEEMLVP NSDLVDGPAQ PMEVTQPETA ASTVENQPAE DPPTLKFTWT IPNFSRQNTR KHYSDVFVVG GYKWRILIFP KGNNVDHLSM 0101: YLDVSDAASL PYGWSRYAQF SLAVVNQIHT RYTVRKETQH QFNARESDWG FTSFMPLSEL YDPSRGYLVN DTVLVEAEVA VRKVLDYWSY DSKKETGFVG 0201: LKNQGATCYM NSLLQTLYHI PYFRKAVYHM PTTENDAPTA SIPLALQSLF YKLQYNDTSV ATKELTKSFG WDTYDSFMQH DVQELNRVLC EKLEDKMKGT 0301: VVEGTIQQLF EGHHMNYIEC INVDFKSTRK ESFYDLQLDV KGCKDVYASF DKYVEVERLE GDNKYHAEGH GLQDAKKGVL FIDFPPVLQL QLKRFEYDFM 0401: RDTMVKINDR YEFPLELDLD REDGKYLSPD ADRSVRNLYT LHSVLVHSGG VHGGHYYAFI RPTLSDQWYK FDDERVTKED LKRALEEQYG GEEELPQTNP 0501: GFNNNPPFKF TKYSNAYMLV YIRESDKDKI ICNVDEKDIA EHLRVRLKKE QEEKEDKRRY KAQAHLYTII KVARDEDLKE QIGKDIYFDL VDHDKVRSFR 0601: IQKQTPFQQF KEEVAKEFGV PVQLQRFWIW AKRQNHTYRP NRPLTPQEEL QPVGQIREAS NKANTAELKL FLEVEHLDLR PIPPPEKSKE DILLFFKLYD 0701: PEKAVLSYAG RLMVKSSSKP MDITGKLNEM VGFAPDEEIE LFEEIKFEPC VMCEHLDKKT SFRLCQIEDG DIICFQKPLV NKEIECLYPA VPSFLEYVQN 0801: RQLVRFRALE KPKEDEFVLE LSKQHTYDDV VEKVAEKLGL DDPSKLRLTS HNCYSQQPKP QPIKYRGVDH LSDMLVHYNQ TSDILYYEVL DIPLPELQGL 0901: KTLKVAFHHA TKEEVVIHNI RLPKQSTVGD VINELKTKVE LSHPDAELRL LEVFYHKIYK IFPSTERIEN INDQYWTLRA EEIPEEEKNI GPNDRLILVY 1001: HFAKETGQNQ QVQNFGEPFF LVIHEGETLE EIKNRIQKKL HVSDEDFAKW KFAFMSMGRP EYLQDTDVVY NRFQRRDVYG AFEQYLGLEH ADTTPKRAYA 1101: ANQNRHAYEK PVKIYN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)