AT5G06420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube, leaf; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G01350.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1961521..1962870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42462.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPFVVKENI VASASSPMKK RRIDHTESAD GSAINASNSS SIGGNDTVMN MAEFGNDNSN NQESQQVCTF FKKPTKSKNI RKRTIDADEE DGDSKSESSI 101: LQNLKKVAKP DSNLYFSSGP STRTSGAPER PVFHYDSSKE IQVQNDSGAT ATLETETDFN QDARAIRERV LKKADHALKG NKKKASDEKL YKGIHGYTDH 201: KAGFRREQTI SSEKAGGSHG PLRASAHIRV SARFDYQPDI CKDYKETGYC GYGDSCKFLH DRGDYKPGWQ IEKEWEEAEK VRKRNKAMGV EDDDDEADKD 301: SDEDENALPF ACFICREPFL DPVVTKCKHY FCEHCALKHH TKNKKCFVCN QPTMGIFNAA HEIKKRMAEE RSKAEQGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)