AT5G03910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC2 homolog 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of ATH subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ABC2 homolog 12 (ATH12); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances, transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-glycoprotein 14 (TAIR:AT1G28010.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1054313..1057105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69201.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 634 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFLLLTPPP CLLIPPPPLS HRRSSSLFLK HPFQPSPRPL SFCKPSALRL RANTTVNSLK ALETIKPYLQ SESKTVLLGW LCSCVSVVSL SQIVPRLGSF 101: TSNLNANAAS LTKLKGECLV LAGLVLAKVV AYYLQQAFLW EAALNTVYKI RVFAYRRVLE RELEFFEGGN GISSGDIAYR ITAEASEVAD TIYALLNTVV 201: PSAIQISVMT AHMIVASPAL TLVSAMVIPS VALLIAYLGD RLRKISRKAQ IASAQLSTYL NEVLPAILFV KANNAEISES VRFQRFARAD LDERFKKKKM 301: KSLIPQIVQV MYLGSLSIFC VGAVILAGSS LSSSAIVSFV ASLAFLIDPV QDLGKAYNEL KQGEPAIERL FDLTSLESKV IERPEAIQLE KVAGEVELCD 401: ISFKYDENML PVLDGLNLHI KAGETVALVG PSGGGKTTLI KLLLRLYEPS SGSIIIDKID IKDIKLESLR KHVGLVSQDT TLFSGTIADN IGYRDLTTGI 501: DMKRVELAAK TANADEFIRN LPEGYNTGVG PRGSSLSGGQ KQRLAIARAL YQKSSILILD EATSALDSLS ELLVREALER VMQDHTVIVI AHRLETVMMA 601: QRVFLVERGK LKELNRSSLL STHKDSLTSA GLVI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)