AT1G10830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 15-cis-zeta-carotene isomerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a functional 15-cis-zeta-carotene isomerase (Z-ISO). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
15-cis-zeta-carotene isomerase (Z-ISO); FUNCTIONS IN: 9,15,9'-tri-cis-zeta-carotene isomerase activity; INVOLVED IN: carotene biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NnrU (InterPro:IPR009915); Has 373 Blast hits to 373 proteins in 102 species: Archae - 0; Bacteria - 164; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 33; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 176 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3605736..3607449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40853.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVYHLLLSS PPSLLLLPPS PRRPNLTLIR RIPAHPRLGN STSLLSSSSP VIRKILVRST LREDQPIASD SESSPTLLIG EDSAAFELGK QKLVSWVYFG 101: VVLGVVLFIL NVVWIDNSTG FGKSFIDAVS NISGSPEVAM LMLILIFAIV HSGLASLRDI GEKLIGERAF RVLFAGISLP LAMSTIVYFI NHRYDGSQLW 201: QLQGVPGVHE AIWVANFVSF FFLYPSTFNL LEVAAVDKPK MHLWETGIMR ITRHPQMVGQ IVWCLAHTLW IGNTVAASAS LGLIAHHLFG AWNGDRRLAK 301: RYGEDFESIK KRTSVIPFAA IFEGRQVLPE DYYKEFVRLP YLAITALTVG AYFAHPLMQG ASFRLHW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)