AT4G39370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 27 (UBP27); FUNCTIONS IN: ubiquitin-specific protease activity, ubiquitin thiolesterase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 23 (TAIR:AT5G57990.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18306392..18308625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55773.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 494 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSRRGSETK AIVCVLTDRI RISNQWVSHL SFAGLLGVAG FVFAQQHGLF RNLNNLKLFS GREKDSGDDS FLVPGLQNLG NNCFLNVILQ ALASCKDFRS 101: FLQWVLEDAR GSLAGEQEEQ LPLTFALSAL LQELGTVGSR RSVSNPRKVM VTLTDYAKNF NLTSQQDAAE ALLHLISSLQ EEIVVCYRPS QSSNLSDILF 201: SRNLRMLAPS EGLHGLMELK RWHKHLRGPF DGILGSTLMC RTCSSQISLE FQFFHTLPLS PLLHHGGYNI MSGCTLEHCL KKFLNTEKVE NYFCYRCWHG 301: AALKYLSVIG AAETEIEKLR SCGGEDQCDC KTSLHLQRMP WSNSYSHILK QLIIARFPKL LCIQVQRASF NMFEEFKLSG HIAFPLVLNL SLFTPSSIGV 401: NIEERIEMSS EYQKPEASKN HGMYRLVTVV EHFGRTGSGH YTVYRSVRVF SQEEEEEDCD EDLSWFSISD SEVCRVSESD VLGAEASLLF YERL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)