AT3G19770.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Guanine nucleotide exchange factor VPS9a. Can ctivate all Rab5 members to GTP-bound forms in vitro. Required for embryogenesis. Regulates the localization of ARA7 and ARA6. Involved in postembryonic root development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
VPS9A; FUNCTIONS IN: Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity; INVOLVED IN: cell plate assembly, transport, cell wall biogenesis, post-embryonic root development, embryo development; LOCATED IN: cytosol, nucleus, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vacuolar sorting protein 9, subgroup (InterPro:IPR013995), Vacuolar sorting protein 9 (InterPro:IPR003123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain (TAIR:AT5G09320.1); Has 1001 Blast hits to 992 proteins in 208 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 518; Fungi - 219; Plants - 81; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 179 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6866916..6869114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 57900.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 520 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENTDVFLGL HDFLERMRKP SAGDFVKSIK SFIVSFSNNA PDPEKDCAMV QEFFSKMEAA FRAHPLWSGC SEEELDSAGD GLEKYVMTKL FTRVFASNTE 101: EVIADEKLFQ KMSLVQQFIS PENLDIQPTF QNESSWLLAQ KELQKINMYK APRDKLVCIL NCCKVINNLL LNASIASNEN APGADEFLPV LIYVTIKANP 201: PQLHSNLLYI QRYRRESKLV GEAAYFFTNI LSAESFISNI DAKSISLDEA EFEKNMESAR ARISGLDSQT YQTGHGSAPP PRDESTLQKT QSLNPKRENT 301: LFQSKSSDSL SGTNELLNIN SETPMKKAES ISDLENKGAT LLKDTEPSKV FQEYPYIFAS AGDLRIGDVE GLLNSYKQLV FKYVCLTKGL GDGTSLAPSS 401: SPLQASSGFN TSKESEDHRR SSSDVQMTKE TDRSVDDLIR ALHGEGEDVN NLSDVKHEEY GAMLVEGKDE ERDSKVQGEV DAKDIELMKQ IPKREGDNSS 501: SRPAEDEDVG SKQPVTEASE |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)