AT1G75850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VPS35 homolog B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VPS35 homolog B (VPS35B); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 (InterPro:IPR005378); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VPS35 homolog A (TAIR:AT2G17790.1); Has 618 Blast hits to 508 proteins in 209 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 191; Fungi - 219; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 135 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28478053..28483874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89450.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 790 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRTLAGVEDE DKWLAEGIAG IQHNAFFMHR ALDANNLREV LKYSALMLSE LRTSKLSPQK YYDLYMRAFD QLRQLEIFFK DESRHGLPVV DLYELVQHAG 101: NILPRMYLLC TVGSVYIKSK QAPSKDVLKD LVEMCRGVQH PIRGLFLRSY LAQVSRDKLP EIGSDYEGDA NTVMDAVEFV LQNFTEMNKL WVRIQHQGPG 201: TVREKQEKER NELRDLVGKN LHVLGQIEGV DLEMYKETVL PRVLEQVVNC KDKLAQYYLM ECIIQVFPDE YHLQTLETLL AACTQLMPTV DTKIVLTQLM 301: DRLSNYAASS PDVLHEFLQV EAFAKLSNAI GKVIDTQLEM PIVGAMTLFV SLLTFTLRVH PDRLDYVDQV LGACVVKLSS VPKLEDARAM KQVVALLSAP 401: LEKYSDIVTA LTLSNYPRVM DHLDDGTNKV MAMLIIQSIM KTDSCISTAD KVEVLFELIK GLIKDLDETN AEELDEEDFQ EEQNSVARLI HMLDNEEPEE 501: MLKIICVVRR HLMTGGPRRL PFTVPPLVFS AVRLVRQLES QGGDIAGEDS ATPRKIFQIL NQTIEVLTSV PCPELALRLY LQCAEAASDC DLEPVAYEFF 601: TQAFMLYEEE IADSKAQVTA IHLIVGTLQR INVFGVENRD TLTHKATGYS ARLLKKPDQC RAVYACSHLF WVDDPDGIKD GERVLLCLRR ALRIANAAQQ 701: MASATRGSSG PVTLFVEILN KYIYFFEKGN PHITPSDIQS LIELINNEMQ SDNGNTTIHS DPFFTSTLRY IKFIKQKGGL MGEKYDPIKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)