AT4G38670.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.671 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thaumatin, conserved site (InterPro:IPR017949), Thaumatin, pathogenesis-related (InterPro:IPR001938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein (TAIR:AT4G36010.2); Has 1594 Blast hits to 1578 proteins in 180 species: Archae - 0; Bacteria - 39; Metazoa - 54; Fungi - 72; Plants - 1416; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18069856..18071227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30097.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 281 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMNRILLFMI LAFVSSLSEV EPISFKITNR CRNTIWPGLL SGANSAPLPT TGFRLSRGKS KTVAIPESWS GRLWARTLCS QDRSSGSFVC LTGDCGSGKV 101: ECSGSGAKPP ATLAEFTLNG TGGLDFYDVS LVDGYNLPML ILPKKIVIGG CGATGCLVDL NGACPRDLKL VTRGNGNGVA CRSACEAFGD PRYCCSDAYA 201: TPDTCQPSVY SLFFKHACPR AYSYAYDDKT STYTCATGAD YFIIFCPPPY TSEKLLGSRK DGATLPLVNK SMIHLPHPHS S |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)