AT1G24450.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribonuclease III family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 2 (NFD2); FUNCTIONS IN: RNA binding, ribonuclease III activity; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonuclease III (InterPro:IPR000999); Has 2124 Blast hits to 2124 proteins in 820 species: Archae - 3; Bacteria - 1583; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 27; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 509 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8664201..8665077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20743.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 191 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLRFTLLL LVFVVGIFFS FSSVSHVRAT SEINLRIEPF SSPFATDLAK LQTQIGYKFN NINLLRRAMT HASFSQENNK ALSIFGTHII ETAVSLQFLA 101: KDIDISSKAL GRLISEVSNV ESSCALDGDR LGLGKIIRVS TKTDASNSAI LCTGFRAIFG AIAIDAGTVD EAIKVFWKVH GARAGRLVSM L |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)