AT1G65380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat (LRR) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Receptor-like protein containing leucine-rich repeats. Regulates both meristem and organ development in Arabidopsis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
clavata 2 (CLV2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat protein kinase family protein (TAIR:AT5G63930.1); Has 98590 Blast hits to 28947 proteins in 1129 species: Archae - 27; Bacteria - 4991; Metazoa - 24209; Fungi - 1144; Plants - 60409; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 7804 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24286943..24289105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79232.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 720 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIKIADFTLF FFIFVFSPSL PLAQSQLPDL DPQDKASLLI FRVSIHDLNR SLSTWYGSSC SNWTGLACQN PTGKVLSLTL SGLNLSSQIH PSLCKLSSLQ 101: SLDLSHNNFS GNIPSCFGSL RNLRTLNLSR NRFVGSIPAT FVSLKELREV VLSENRDLGG VVPHWFGNFS MNLERVDFSF CSFVGELPES LLYLKSLKYL 201: NLESNNMTGT LRDFQQPLVV LNLASNQFSG TLPCFYASRP SLSILNIAEN SLVGGLPSCL GSLKELSHLN LSFNGFNYEI SPRLMFSEKL VMLDLSHNGF 301: SGRLPSRISE TTEKLGLVLL DLSHNSFSGD IPLRITELKS LQALRLSHNL LTGDIPARIG NLTYLQVIDL SHNALTGSIP LNIVGCFQLL ALMISNNNLS 401: GEIQPELDAL DSLKILDISN NHISGEIPLT LAGLKSLEIV DISSNNLSGN LNEAITKWSN LKYLSLARNK FSGTLPSWLF KFDKIQMIDY SSNRFSWFIP 501: DDNLNSTRFK DFQTGGGEGF AEPPGKVEIK ISAAVVAKDE LSFSYNLLSM VGIDLSDNLL HGEIPEALFR QKNIEYLNLS YNFLEGQLPR LEKLPRLKAL 601: DLSHNSLSGQ VIGNISAPPG LTLLNLSHNC FSGIITEKEG LGKFPGALAG NPELCVETPG SKCDPANIDA SQEEIYQNEL VEGPISIWIF CLSAFISFDF 701: GVLGIFCSAR ARSYILQTKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)